水性油墨与其他印刷油墨一样也是由色料、连结料和油墨助剂组成，先将有机颜料制作成颜料颗粒水分散体也就是颜料色浆，再与连结料和助剂混合分散制作成水性油墨，因此水性油墨选用有机颜料是至关重要的，在选用上应注意以下事项：
(一)有机颜料的耐碱性
有机颜料是赋予油墨颜色特征，满足印刷对色彩要求的材料。涂料颜料色泽鲜艳，着色力强。耐晒性能优良，耐溶剂性；无迁移性。由于水性油墨的连结料树脂大多为碱溶性的，水墨的粘度和pH值需要精确控制，pH值一般控制在8.0～9.5之间。当pH值高于9.5时，碱性太强，油墨的粘度会降低，使干燥速度变慢，耐水性能变差；而当pH值低于8.0时则碱性太弱，油墨的粘度会升高，油墨易干燥，会造成脏版、糊版和起泡等缺陷。因此选用有机颜料时须使用耐碱性良好的颜料。
(二)有机颜料的相对密度
水性油墨用有机颜料的相对密度彼此相差悬殊时，相对密度小的有机颜料容易漂浮在上，例如墨绿色水性墨常以炭黑、酞菁蓝铅铬黄等颜料配合调色，容易产生浮色、发花、沉淀等现象；有机颜料的相对密度太大时，则因其容易沉淀结块而破坏水性墨的稳定性，如铁红、铬黄等，常因结块无法搅开。高邮颜料主要用于塑料和涂料，油漆的着色，也用于 合成纤维的原液着色。
(三)有机颜料的组合
不同的有机颜料其物化性质如相对密度、酸碱性、极性及结晶状况等均不相同。颜料工厂优良耐光耐气候牢度，在1/3至1/25SD其耐光牢度可达到7级；良好的耐热稳定性使其用于丙烯腈原浆着色。该品种有优异的应用牢度，可用于涂料印花色浆，也用于高档包装印墨及装饰漆。因此在制造油墨过程中若采用多种有机颜料、填料，常因为其物化性质的差异较大，即使强烈地搅拌也只能使其暂时分散在油墨中，贮存时间长了常会出现颜料沉淀、浮色等现象。故在制水墨时选用的有机颜料、填料的种类应尽量少些。但有时为了能达到色相和性能要求，不得不选用几种颜料。